Ayuda básica
La Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) es una de las tecnologías más poderosas en la biología molecular. La PCR requiere un fragmento específico de ADN, y es útil para diferentes aplicaciones.
Actualmente la qPCR es la tecnología de diagnóstico molecular más aplicada y más conocida, pero es una técnica cara.
Sin embargo, debido a los altos costos, se ha sugerido el uso del análisis en pool.
Para el cálculo de la sensibilidad realtiva del análisis mediante qPCR en pool, se ha diseñado e implementado un algoritmo basado en el método de Montecarlo.
Ayuda avanzada
Debemos tener en cuenta la disminución significativa de la sensibilidad del análisis en pool debido al efecto de la dilución. Hay dos factores que deben tenerse en cuenta: la baja proporción de muestras infectadas en la muestra y el bajo número de copias de ADN de los individuos infectados.
Desafortunadamente, este es un escenario muy común en la mayoría de los programas de vigilancia epidemiológica.
Hemos diseñado el siguiente algoritmo estocástico utilizando el método de Montecarlo teniendo en cuenta las siguientes variables:
npool:tamaño de pool
iCt: ciclo umbral de la qPCR para muestras individuales
mCt: media de los Ct en una población asintomática
difCt= iCt-mCt
sCt: desviación estandar del Ct en una población asintomática
P: prevalencia de infección en una población asintomática
Durante la simulación, el algoritmo se itera hasta que se alcanza una cantidad deseada de pools infectados(iPool. La precisión de los resultados depende del número de iteraciones.
